Son analyse conduit à l’établissement d’un haplotype, qui est constitué par l’ensemble des polymorphismes mitochondriaux observés chez un individu. On peut associer ces haplotypes à leurs haplogroupes, qui sont des regroupements d’haplotypes selon leur histoire évolutive. Ces haplogroupes sont parfois caractéristiques de certaines époques ou de certaines régions. L’analyse des haplotypes mitochondriaux contribue également à confirmer ou infirmer des parentés détectées sur la base des STR autosomaux.

Nous analysons la séquence complète de l’ADN mitochondrial sur un système NGS (Séquençage Nouvelle Génération), ce qui permet de distinguer les lignées féminines et d’établir les haplotypes. Cette analyse est réalisée une seule fois, à partir d’échantillons présentant une quantité et une qualité d’ADN suffisantes.