Différentes colorations peuvent être réalisée afin d’apporter des données essentielles aux problématiques analytiques. Les plus courantes sont :

• Hématoxyline / Eosine (H&E) pour l’étude de la morphologie générale
• Picrosirius (PS) pour la mise en évidence de la micro-anatomie osseuse observée en lumière polarisée
• La réaction de Perls pour la mise évidence du fer ferrique endogène ou exogène
• Martius Yellow / Scarlet red / Methyl blue (MSB) pour la mise en évidence de la fibrine
• Safranine O / vert solide (SO/FG) pour la mise en évidence du cartilage en voie de minéralisation
• Grocott pour la mise en évidence des champignons et levures

D’autres colorations peuvent être faites en fonction de la réponse à apporter d’un point de vue médico-légal (présence de bois, de fibres, de particules exogènes…).