Le système MiSeq FGx est un séquenceur de nouvelle génération (NGS). Le MiSeq FGx en mode Verogen est la solution pour l’analyse génomique en médecine légale et est ainsi destiné au séquençage ciblé de l'ADN dans le cadre d'enquêtes médico-légales et d'autres applications d'identification humaine.

Le système dispose également d'un mode RUO (Research Use Only) qui permet de séquencer les librairies compatibles avec le MiSeq et générées avec les kits de préparation de librairies RUO d'Illumina.

Le séquenceur capillaire 3500 d’Applied Biosystems est basé sur la détection par fluorescence de séquences nucléotidiques au moyen d’une électrophorèse réalisée à travers des capillaires. Il permet d’effectuer l’analyse de séquences (enchaînement de bases nucléotidiques) et l’analyse de microsatellites (motifs répétés).