L’analyse du chromosome Y conduit à l’établissement d’un haplotype, qui est l’ensemble des allèles observés chez un individu pour des marqueurs présents en une seule copie (le chromosome Y étant unique). On peut associer ces haplotypes à leurs haplogroupes, qui sont des regroupements d’haplotypes selon leur histoire évolutive. Ces haplogroupes sont parfois caractéristiques de certaines époques ou de certaines régions. L’analyse des haplotypes Y contribue également à confirmer ou infirmer des parentés détectées sur la base des STR autosomaux.

Nous analysons 24 marqueurs STR du chromosome Y, qui nous permettent de distinguer les lignées masculines et d’établir les haplotypes. Ces analyses sont réalisées deux fois, à partir de deux échantillons différents pour chaque individu si possible. Nous conseillons la sélection d’une dent en bon état et d’un os temporal pour chaque individu. Si nous ne disposons que d’un seul prélèvement pour un individu, la réplication de l’analyse est effectuée à partir de ce seul prélèvement.